万方毕业查重系统在检测时会对上传的文档进行扫描，确保文档内容的原创性。为了保护用户的隐私，系统会采取匿名化处理，对文档的个人信息进行屏蔽，确保用户的隐私不会被泄露。此外，系统会严格遵守相关的隐私保护法律法规，对用户的个人信息进行保护。

另外，在使用万方毕业查重系统时，用户也可以自行对文档进行处理，删除个人信息等隐私内容，以确保在检测过程中不会泄露个人隐私。同时，建议用户在使用系统时选择正规、可信赖的平台，避免使用一些不明来源的查重系统，以保护个人隐私安全。